林國春、呂謦煒在2023年11月間舉行記者會，指控陳亭妃2019年於長榮大學經營管理研究所所提交的博士論文「台灣六都行政管理績效衡量之研究」，經圖靈系統比對，有高達25%內容的相似度，其中第25頁更大幅摘錄維基百科條文，卻未標示出處。
對此，陳亭妃認為林、呂2人為了選舉抹黑她和指導老師，因此於2023年11月前往台北地檢署，提告加重誹謗罪及違反《選罷法》。然而，檢方調查後認為，陳亭妃的論文部分內容與維基百科、他人論文確實有文字重複，被告質疑內容具有事實基礎，可受公評，因此最終處分不起訴確定。
至於民事部分，陳亭妃另提起損害賠償訴訟，主張林國春與呂謦煒言論已侵害其名譽權，請求賠償160萬元，台北地院昨日開庭，雙方辯護律師針對言論是否具正當性展開交鋒，預計將於8月29日再次開庭。
陳亭妃今天上午公開回應此事，她表示，自己當時做論文時，桃園市剛升格為直轄市，因此在她之前從未有人接觸過，且她用3種方法交叉比對，6都的市府、議會相關人員，當年也都有拿到她的問卷，此部分不容模糊，自己不可能抄襲。
陳亭妃說，國民黨指控她抄襲維基百科，但相似的是歷史之處，她跟維基百科的出處來源都是中研院，在遭到藍營指控後，她也請長榮大學重新審議，並自認坦蕩蕩，長榮大學事調查後也證實，她的論文並未違反學術倫理，不須撤銷論文，只要求格式不符的部分重新修正。
陳亭妃進一步說，檢方不起訴是因為當時自己提告的是《選罷法》，但後來她已經當選2024立委，且檢方認為此事可受公評。