據《TVBS新聞網》報導，有家長控訴，13日女兒發現成績異常，就打到學校詢問，註冊組坦承疏失，透露有17名學生沒有填到准考證編號，因此沒有登錄上會考成績，但他也不知如何處理，還建議家長，「如果真的沒辦法的話就直接直升吧」。家長痛訴，女兒千辛萬苦準備會考，最後順利高分考上第一志願，卻因為學校疏失無法就讀，事後校方還冷處理。
事後，家長陪女兒而到五專免試入學申訴表，送審過後學校竟打來要求「改寫申訴說詞」，但是內容卻未提到校方疏失，彷彿想將一切合理化。家長擔心會因學校疏失，害得孩子沒辦法順利在第一志願學校就讀。對此，台南市教育局指出，學校疏失不應該損害學生權益是基本原則，前已請學校備齊學生申訴及相關資料，報請教育部提聯招會討論並提供補救措施。
台南市教育局指出，目前已經第一時間向教育部、五專優先免試入學招生委員會反映，希望能在維持公平的前提下，將會對受影響學生重新分發或增額錄取，以確保學生的升學權益。此外，關於學校的行政疏失，將會進行內部檢討外，也會強化各校升學管道的報名作業流程，避免類似情形再度發生。