教宗方濟各於2025年4月21日去世，享年88歲，並於26日在羅馬聖伯多祿廣場（聖彼得廣場）舉行喪禮，前副總統陳建仁則代表我國前往教廷出席喪禮弔唁。
26日當天約有超過25萬人聚集在聖彼得廣場參加悼念活動，包括天主教信徒與55位國家元首前往哀悼，喪禮歷時約2小時，氣氛莊嚴哀戚；當天陳建仁代表台灣出席教宗喪禮，在會場中與多位政要互動，根據中央社報導，陳建仁在與美國前總統拜登互動時，表示感謝拜登在其任內推動台美簽訂21世紀貿易倡議，並告訴拜登當時他為美國副總統時所推動的「癌症登月計畫」目前台灣仍持續與美國國家癌症研究所合作，並推動第二期癌症登月計畫，拜登還回應陳建仁「GO!GO!GO! Keep it going」表示喜悅。
外交部表示，陳建仁分別於喪禮前後，與宗座科學院院長涂克森樞機主教、已故教宗駐馬爾他騎士團特使鐸瑪士樞機主教、利瑪竇家鄉馬切拉塔主教Bishop Nazzareno Marconi等天主教會高階神職人員親切互動，並與巴拉圭眾議院議長拉托雷伉儷、瓜地馬拉文化暨體育部長等邦交國及友盟國家代表交流致意，展現台灣的「價值外交」。
陳建仁也向中央社表示認為這趟弔唁行程相當圓滿，並盼望新教宗選出後，可以由總統賴清德代表國家前往參加新任教宗的就職典禮。