關於國家海洋科技營運中心的業務範圍包括，海洋調查及實驗技術的研究開發；國家海洋調查船、國家船模實驗室多功能水槽及其他海洋科技設施的營運管理；海洋科技專業人才的協助培育；海洋科技國際合作及交流的促進；水下文化資產調查的協助；受託辦理海洋研究調查及船舶技術相關業務；經監督機關指示辦理海洋研究調查相關業務；其他與海洋科技相關的業務。
根據三讀通過條文，國家海洋科技營運中心設董事會，置董事11人至15人、置監事3人至5人，董事、監事任期為3年，期滿得續聘一次。國家海洋科技營運中心置董事長1人，由監督機關就董事中提請行政院長聘任之；董事長、董事、常務監事及監事，均為無給職。
此外，國家海洋科技營運中心置執行長1人，專任，由董事長提請董事會通過後聘任之。
海委會指出，設置海科中心有5大效益，包括滿足完整船模試驗需求、發展本土關鍵核心技術、建構國家海洋調查船隊、加速海域基礎資料建置、組織彈性留任關鍵人才。